Odliczenie VAT z faktury zapłaconej po 90 dniach. Czy trzeba najpierw sztucznie odliczyć VAT, skorygować go i dopiero potem odliczyć ponownie?

Problem dotyczy zwłaszcza firm, w których proces akceptacji faktur jest wydłużony. Faktura może wymagać sprawdzenia pod kątem zasadności zakupu, zgodności z umową, zamówieniem, protokołem odbioru albo budżetem. W efekcie zdarza się, że płatność następuje dopiero po upływie 90 dni od terminu płatności, a VAT z faktury nie został jeszcze odliczony.

Powstaje wtedy pytanie: czy podatnik może po raz pierwszy odliczyć VAT dopiero w okresie, w którym faktura została zapłacona, czy musi wcześniej „odtworzyć” pełną sekwencję rozliczeń, czyli najpierw odliczyć VAT, następnie skorygować go z tytułu ulgi na złe długi, a po zapłacie ponownie zwiększyć podatek naliczony?

Prawo do odliczenia VAT jest prawem, a nie obowiązkiem

Punktem wyjścia jest art. 86 ust. 1 ustawy o VAT. Przepis ten przewiduje, że podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia VAT naliczonego, jeżeli nabyte towary lub usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych. Jest to więc uprawnienie podatnika, a nie obowiązek. Podatnik może z prawa do odliczenia skorzystać, ale nie ma obowiązku realizować go natychmiast po otrzymaniu faktury.

Standardowo prawo do odliczenia powstaje w okresie, w którym w odniesieniu do nabytych towarów lub usług powstał obowiązek podatkowy, nie wcześniej jednak niż w okresie otrzymania faktury. Jeżeli podatnik nie odliczy VAT w tym okresie, może to zrobić w kolejnych okresach rozliczeniowych, a po ich upływie — przez korektę deklaracji, z zachowaniem pięcioletniego terminu liczonego od początku roku, w którym powstało prawo do odliczenia.

Ulga na złe długi po stronie nabywcy

Odrębnie należy uwzględnić przepisy o tzw. uldze na złe długi. Zgodnie z art. 89b ustawy o VAT, jeżeli nabywca nie ureguluje należności wynikającej z faktury dokumentującej dostawę towarów lub świadczenie usług na terytorium kraju w terminie 90 dni od dnia upływu terminu płatności, ma obowiązek skorygować odliczony wcześniej VAT naliczony. Korekta następuje w rozliczeniu za okres, w którym upłynął 90. dzień od terminu płatności.

Ten mechanizm ma jednak sens wtedy, gdy podatnik wcześniej faktycznie odliczył VAT z niezapłaconej faktury. Jeżeli VAT nie został jeszcze odliczony, nie ma czego korygować.

Innymi słowy: korekta z art. 89b ustawy o VAT dotyczy podatku naliczonego już odliczonego. Nie powinna prowadzić do obowiązku tworzenia fikcyjnej sekwencji rozliczeń wyłącznie po to, aby podatnik najpierw wykazał odliczenie, następnie je skorygował, a po zapłacie ponownie odliczył VAT.

Dawniejsze podejście organów podatkowych było zbyt formalistyczne

W przeszłości organy podatkowe prezentowały niekiedy bardziej rygorystyczne stanowisko. Sprowadzało się ono do twierdzenia, że podatnik może odliczyć VAT w okresie zapłaty zaległej faktury dopiero wtedy, gdy wcześniej VAT z tej faktury został odliczony, następnie skorygowany w ramach ulgi na złe długi, a po zapłacie ponownie zwiększony.

Takie podejście było trudne do obrony. Skoro prawo do odliczenia VAT jest prawem podatnika, a nie obowiązkiem, to podatnik nie powinien być zmuszany do pierwotnego odliczenia VAT wyłącznie po to, aby następnie dokonać jego korekty. Byłaby to czynność sztuczna, formalna i ekonomicznie neutralna, ale generująca dodatkową pracę oraz ryzyko błędów w JPK.

Aktualne stanowisko: VAT można odliczyć po raz pierwszy w okresie zapłaty

W ostatnich latach stanowisko organów podatkowych stało się bardziej racjonalne i korzystne dla podatników. Potwierdzają one, że jeżeli podatnik nie odliczył VAT przed zapłatą faktury, a następnie uregulował należność już po upływie 90 dni od terminu płatności, może po raz pierwszy odliczyć VAT w rozliczeniu za okres, w którym dokonał zapłaty.

Takie stanowisko potwierdzono m.in. w interpretacji indywidualnej Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 3 lutego 2026 r., sygn. 0114-KDIP4-2.4012.904.2025.2.MC. Sprawa dotyczyła podatnika, który otrzymał faktury zakupowe uprawniające do odliczenia VAT, ale nie odliczył podatku ani w miesiącu otrzymania faktury, ani w kolejnych okresach rozliczeniowych. Opóźnienie wynikało z wewnętrznego procesu weryfikacji faktur. Dopiero po tej weryfikacji faktury mogły zostać skierowane do płatności. DKIS potwierdził, że podatnik może odliczyć VAT w odniesieniu do uregulowanej należności w rozliczeniu za okres, w którym należność została faktycznie zapłacona. Organ potwierdził także, że skoro podatnik nie odliczył wcześniej VAT, nie jest zobowiązany do korekty podatku naliczonego na podstawie art. 89b ustawy o VAT.

Przykład praktyczny

Spółka otrzymała fakturę zakupową z terminem płatności przypadającym na 15 stycznia. Faktura została przekazana do wewnętrznej weryfikacji, ponieważ wymagała potwierdzenia zgodności z umową i zakresem wykonanych usług.

Spółka nie odliczyła VAT z tej faktury w styczniu ani w kolejnych okresach rozliczeniowych. Płatność została dokonana dopiero w maju, czyli po upływie 90 dni od terminu płatności.

W takiej sytuacji, jeżeli faktura dokumentuje zakup związany z działalnością opodatkowaną VAT i nie zachodzą inne ograniczenia prawa do odliczenia, spółka może po raz pierwszy odliczyć VAT w rozliczeniu za maj, czyli za okres, w którym faktycznie uregulowała należność.

Nie ma potrzeby wcześniejszego odliczania VAT wstecz, następnie korygowania go z tytułu złych długów, a później ponownego zwiększania podatku naliczonego.

Co z częściową zapłatą?

Jeżeli należność została uregulowana tylko częściowo, bezpieczne podejście polega na odliczeniu VAT wyłącznie w części przypadającej na zapłaconą kwotę. Mechanizm ulgi na złe długi również działa proporcjonalnie — przy częściowym uregulowaniu należności korekta lub zwiększenie podatku naliczonego odnosi się do odpowiedniej części VAT.

O czym podatnik powinien pamiętać?

Korzystne stanowisko organów nie oznacza, że podatnik może całkowicie pominąć kontrolę terminów płatności. Nadal konieczne jest monitorowanie statusu faktur, zwłaszcza gdy VAT został już odliczony przed zapłatą. Jeżeli podatnik odliczył VAT, a faktura nie została zapłacona w terminie 90 dni od upływu terminu płatności, zasadniczo powstaje obowiązek korekty podatku naliczonego.

Inna jest sytuacja, gdy podatnik VAT jeszcze nie odliczył. Wtedy brak jest podatku naliczonego, który należałoby korygować. Po zapłacie zaległej faktury podatnik może zrealizować prawo do odliczenia, o ile spełnione są ogólne warunki odliczenia VAT oraz nie upłynął pięcioletni termin na skorzystanie z tego prawa.

Wnioski dla praktyki

Podatnik, który nie odliczył VAT z faktury przed jej zapłatą, a następnie uregulował należność po upływie 90 dni od terminu płatności, nie powinien być zobowiązany do sztucznego odtwarzania sekwencji: odliczenie — korekta — ponowne odliczenie.

Może on po raz pierwszy odliczyć VAT w rozliczeniu za okres, w którym faktycznie zapłacił fakturę, pod warunkiem że zakup jest związany z czynnościami opodatkowanymi VAT, faktura daje prawo do odliczenia i nie upłynął ustawowy termin na realizację tego prawa.

Jest to istotne zwłaszcza dla podatników, u których proces obiegu, akceptacji i płatności faktur jest wieloetapowy. Aktualna praktyka interpretacyjna ogranicza nadmierny formalizm i pozwala uniknąć korekt, które nie mają realnego skutku ekonomicznego, a jedynie komplikują rozliczenia VAT.